Para começar. vamos criar uma página html vazia (você pode utilizar o snippet html:5 do VS Code):

<!DOCTYPE html>

<html lang="en">
<head>
  <meta charset="utf-8"/>
  <meta content="IE=edge" http-equiv="X-UA-Compatible"/>
  <meta content="width=device-width, initial-scale=1.0" name="viewport"/>
  <title>Usando Javascript em uma Página HTML</title>
</head>
<body>
  <h1>
    Usando Javascript em uma Página HTML
  </h1>
</body>
</html>

Agora, se quisermos adicionar código javascript a essa página, basta utilizar a tag <script>:

<!DOCTYPE html>

<html lang="en">
<head>
  <meta charset="utf-8"/>
  <meta content="IE=edge" http-equiv="X-UA-Compatible"/>
  <meta content="width=device-width, initial-scale=1.0" name="viewport"/>
  <title>Usando Javascript em uma Página HTML</title>

  <script>
    console.log("Olá, mundo!")
  </script>
</head>
<body>
  <h1>Usando Javascript em uma Página HTML</h1>
</body>
</html>

No entanto, se quisermos manter nosso html organizado, devemos evitar colocar scripts diretamente dentro dele. Para isso podemos criar um arquivo .js independente e mover nosso código para ele:

console.log("Olá, mundo!")

Por fim, para incluir esse código no html podemos usar a tag <script> com o atributo src:

<!DOCTYPE html>

<html lang="en">
<head>
  <meta charset="utf-8"/>
  <meta content="IE=edge" http-equiv="X-UA-Compatible"/>
  <meta content="width=device-width, initial-scale=1.0" name="viewport"/>
  <title>Incluindo Javascript em uma Página HTML</title>

  <script src="./index.js"></script>
</head>
<body>
  <h1>Incluindo Javascript em uma Página HTML</h1>
</body>
</html>